Častým dotazem je, jak jsou přesně kodifikovány odstíny barev české vlajky. Vycházejí při tom ze skutečnosti, že čestné společnosti při tvorbě svých grafických manuálů pro firemní symboly a jejich užívání, tj. především loga, přesně určují použité barevné odstíny emblémů, například s odkazem na mezinárodně velmi rozšířený vzorník PANTONE.
Někdy takto postupují i některé kraje a obce. Odstíny barev české vlajky nejsou žádným předpisem stanoveny a v zemi s několikasetletou heraldickou tradicí k tomu ani není důvod. Obecně se tradičně předpokládá, že je modrá, tak červená budou jasné a syté. Přesné definování červené a modré barvy v grafických manuálech krajů může vést v běžné praxi k rozdílným odstínům barev vlajek státních a krajských, ačkoliv z vexilologického a heraldického hlediska by vlastně mělo jít o barvy stejné, protože mají týž historický původ. Pochopitelně je nevhodné, aby územně správní celky svými grafickými manuály, které nejsou obecně závazným právním předpisem, fakticky přesně kodifikovaly barevné odstíny státního znaku, která je součástí krajských znaků a vlajek, ale nejednotně